Les "hypothèses" n´ont pas leur place dans ces recherches : comme les propriétés de la lumière devaient être induites des expériences, la signification des prophéties pouvait être établie à partir de  celles qui avaient déjà été accomplies ; la philosophie naturelle des Anciens devait de même être déchiffrée à la lumière de la connaissance expérimentale. Une suite d´inductions conduit donc naturellement des lois de Kepler et de l´accélération radiale de la lune au principe de la gravitation universelle, pour arriver au dévoilement de la signification de l´image de la flûte de Pan. Voici un texte révolutionnaire qui démontre que Newton, figure majeure des grandes mutations scientifiques du XVIIe siècle, tenait en haute estime la philosophie hermétique de la Renaissance. Plus encore, il révèle qu´il a trouvé, dans la pensée des Anciens, une confirmation de ses propres découvertes scientifiques. D´après le mathématicien, principe de gravité et mécanique classique étaient déjà pleinement contenus dans les textes des Pythagoriciens. Au moment où il expose la théorie de la gravitation universelle, Newton annotait ses manuscrits des Principia de citations. Par exemple, il écrit : "Les Anciens savaient même que tous les corps qui tournent autour de la terre – l´air et le feu comme les autres éléments – sont attirés vers la terre par la gravité, et que cette gravité est proportionnelle à la quantité de matière dont ils sont formés. C´est ainsi que Lucrèce argumente en faveur de l´existence du vide." Newton fait même remonter l’origine de l´atomisme à la philosophie mystique, déjà enseignée en Égypte et en Phénicie et reprise par les philosophes grecs. D´après lui, les Égyptiens connaissaient déjà le système copernicien et l´exprimaient dans leur religion, leurs écrits et leur art. Pour Newton, le mystère des nombres, comme celui des hiéroglyphes, entretient un rapport étroit avec la philosophie mystique. C´est dans le mythe et dans l´alchimie que Newton redécouvre le véritable ordonnancement de la matière.