Jean Scot Erigène fait partie de ces auteurs qui ont marqué le monde chrétien par la qualité de leur doctrine, mais aussi par une manière de l´exprimer suffisamment contestable pour attirer sur elle les foudres de l´autorité religieuse. C´est l´ambiguïté de Scot. D´une part, il n´a jamais été l´hérétique, l´agnostique, le panthéiste ou le rationaliste que beaucoup ont cru et croient encore voir en lui. D´autre part, ses écrits contiennent des formulations sujettes à caution, qui légitiment les diverses condamnations portées sur eux ; la plus importante, en ce qui concerne le De divisione naturae, a été prononcée par le Pape Honorius III en 1225.

Il faut voir dans ce genre de dissension une conséquence de l´incompréhension générale de l´harmonie du rapport existant entre les perspectives exotérique et ésotérique dans le christianisme